Το Μουσικό Σχολείο Ρεθύμνου ιδρύθηκε το 1991. Για τρία χρόνια φιλοξενήθηκε σε αίθουσες που είχε παραχωρήσει το 1ο Γυμνάσιο στο λόφο του Τιμίου Σταυρού. Από το 1994 μεταφέρθηκε, μετά από δυναμικές κινητοποιήσεις της σχολικής κοινότητας, στο κτίριο του πρώην Ορφανοτροφείου όπου στεγάζεται έως σήμερα.
Το κτίριο αυτό δεν έχει σχεδιαστεί για να στεγάσει σχολείο, είναι όμως ένα όμορφο νεοκλασικό κτίριο που αποπνέει τέχνη και προσελκύει την προσοχή για την αισθητική του. Οι προσαρμογές που έχουν γίνει στους εσωτερικούς χώρους μπορούν να προσφέρουν μια αξιοπρεπή λειτουργία, δεν αρκούν όμως για να αναπτύξει ένα Μουσικό Σχολείο τις δυνατότητές του. Στο Μουσικό Σχολείο Ρεθύμνου λειτουργούν Γυμνάσιο και Λύκειο με δέκα τμήματα συνολικά και φοιτούν 180 μαθητές .
Το ωρολόγιο πρόγραμμα ξεκινά στις 08.15 π.μ. και λήγει στις 15.00 μ.μ. με μεσημεριανή διακοπή για φαγητό, το οποίο προσφέρεται δωρεάν.
Δωρεάν επίσης γίνεται και η μεταφορά των μαθητών από και προς το σχολείο.
Διευθυντής : Ραφτάκης Σπυρίδων (ΠΕ 79.01 Μουσικός)
Υποδιευθυντής : Πίτερης Ηλίας (ΠΕ 79.01 Μουσικός)
Γενικής Παιδείας:
Θεολόγος : Κούτρα Ελευθερία
Φιλόλογοι : Παπαδοπούλου Νεκταρία, Γεωργιάδου Γεωργία, Βενιανάκη Κρυσταλία, Παπαδόπουλος Φώτιος, Γεωργούση Άννα-Μαρία, Τζόβα Ελένη, Σακελαράκη Χριστίνα, Γιαννακάκη Παρασκευή (Ε.Α.), Παπαδοπούλου Ευθυμία (Ε.Α.)
Μαθηματικοί : Χατζηελανίδης Πέτρος, Κοντογεωργάκη Στυλιανή, Βουλγαρέλης Αντώνιος, Παράβαλος Νικόλαος (Ε.Α.), Περιστερίδης Δημήτριος (Ε.Α.)
Φυσικός : Καραΐσκος Εμμανουήλ, Σμυρνάκη Ευθυμία (Ε.Α)
Χημικός : Μάντζιος Χρήστος
Βιολόγος: Παναγιωτάκη Πολύμνια
Αγγλικών :
Γαλλικών :
Γερμανικών : Μαυρακάκη Χρυσούλα
Καλλιτεχνικών : Μαριόγλου Μαρία – Βερόνικα
Οικονομολόγος : Ρούγκα Γερασιμούλα
Φυσικής Αγωγής : Παχιαδάκη Άννα
Πληροφορικής : Βουλγαρέλης Αντώνιος, Φραγκιαδάκης Γεώργιος
Θέατρο : Βενιανάκη Κρυσταλλία
Μουσικής Παιδείας:
Ακκορντεόν : Νουκάκη Ειρήνη
Θεωρητικά ευρωπαϊκής μουσικής : Ραφτάκης Σπυρίδων, Πίτερης Ηλίας, Νουκάκη Ειρήνη, Σταυρουλάκη Αναστασία, Βούζη Ειρήνη
Θεωρητικά βυζαντινής μουσικής : Κουτσογιαννάκη Ευαγγελία
Κιθάρα :
Λαούτο: Πίτερης Ηλίας
Μαντολίνο:
Λύρα: Κωστάκης Μιχαήλ
Πιάνο: Βουρεξάκη Ερωφίλη, Καμάρα Μαρία, Μανιτάκη Θεοδώρα, Τσαούσογλου Θεοδοσία, Χαλκιαδάκη Ισιδώρα, Μιμίδης Δημήτριος, Χαλκιαδάκη Κυριακή, Τζιράκη Ελένη
Βιολί: Παπαναστασίου Αναστασία
Φλάουτο:
Χορωδία: Χαλκιαδάκη Ισιδώρα